Le premier cahier des charges, élaboré en 1989-90, s'est avéré trop succinct et a été complété au cours des années par de nombreuses dispositions uniquement actées lors des réunions du Comité de Pilotage, sans être intégrées aux contrats successifs. Le Contractant – principalement - et la Région ont ainsi vu leurs obligations augmenter, avec la charge de travail et les délais y afférant, sans que les conventions successives ne portent trace de ces réorganisations dûment acceptées par les signataires. Toute l'organisation du projet s'en est progressivement retrouvée bousculée, entraînant des confusions plus ou moins importantes quant aux tâches de chacun et aux conditions de réception des documents, ainsi que des retards au niveau de la réception et des phases de préparation la publication.
La convention et le cahier des charges annexe ont donc été réécrits pour prendre en compte les modifications apportées au cours du temps, en les inscrivant dans la nouvelle organisation de manière à disposer d'un document clair, où chacun peut se situer par rapport aux objectifs du projet. Ce cahier des charges est mis à jour en fonction de l'évolution du processus et des décisions arrêtées.

L'introduction de cette nouvelle étape, bien différenciée, permet aux Géologues de terrain de respecter les délais de lever qui leur sont imposés et de garantir la préparation à la publication.

Le nouveau processus prévoit une étape organisée de contrôle et de réception des documents remis par les géologues au terme des levés et de leur rédaction. Ce contrôle est confié à une équipe permanente agissant pour le Comité de Suivi, sur base des prescriptions du cahier des charges et des prescriptions particulières ("Contrôle"). L'étape de relecture et le rapport scientifique ("Validation scientifique") y est intégrée. Des délais sont fixés.

La réception définitive, pour publication, de chaque carte est ensuite officialisée quand les corrections ont été effectuées, selon les conditions de réception fixées par le cahier particulier des prescriptions techniques.

La valeur technique et scientifique du travail est assurée par la collaboration permanente entre les géologues, les spécialistes des formations étudiées (contacts personnels et réunions de terrain), et les techniciens chargés de l'édition et de l'impression de la Carte.

Les Coordinateurs technique et scientifique assurent, en amont, lors de la phase de lever, une assistance continue de première ligne, aux points de vue technique et scientifique, aux Géologues de terrain et lors des opérations de préparation à l'édition des cartes (proposition de nouvelles formations, de regroupements ou de nouveaux symboles, etc.). L'objectif est de résoudre les problèmes techniques et scientifiques rencontrés par les Auteurs et Coordinateurs, avant dépôt des cartes (en vue d'éviter toute modification de fond ultérieure, pouvant générer des retards et des perturbations).

Cette assistance est nécessaire pour que les documents remis par les Géologues soient conformes aux standards requis pour la phase de lecture scientifique et de préparation à l'édition.

Le CCST, émanation du Comité de Suivi, intervient formellement lorsqu'une solution ne peut être trouvée par les coordinateurs techniques et scientifiques. Il est notamment composé des Géologues coordinateurs technique et scientifique, du Rapporteur scientifique et d'un représentant du Comité de Lecture, avec le Chef de projet.

Celui-ci a été supprimé à partir du 7ème Plan triennal.

Après le contrôle préalable et la lecture scientifique, le Comité de Vérification devait assurer un contrôle final de conformité des documents corrigés par les auteurs en fonction du cahier des charges, des rapports des Lecteurs et du Rapporteur et du rapport du Géologue coordinateur technique, avant réception par la Région.

En pratique, le Comité de Vérification, institué en 2005, n'a jamais dû se réunir. La Géologue coordinatrice technique s'est chargée du contrôle avant réception définitive.

Ces étapes seront désormais naturellement intégrées à la phase "Contrôle/Validation scientifique", poursuivant le travail scientifique de terrain par celui de correction et de validation de la publication, selon les critères habituels en la matière. Cette phase sera sous pilotage général de la Géologue coordinatrice technique, assistée de deux Géologues contrôleurs (poursuivant en partie le terrain).

En cas de problème ou de difficulté à trancher, il est envisagé de réunir les Auteurs, les Lecteurs, Rapporteur et Coordinateurs technique et scientifique.

Jusqu'en juin 2006, la préparation à la publication des documents était assurée par la Région, avec l'assistance de la convention. La numérisation des cartes et la complétion de la banque de données "Carte géologique" associée était assurée par sous-traitance. Cette étape constituait néanmoins une charge de travail non négligeable en corrections pour la Région.

Ces opérations ont été intégrées au projet en affectant le budget de sous-traitance à l'engagement d'un Géologue-Numérisateur. A budget équivalent à quelques semaines de prestation effective, le projet dispose ainsi d'une personne en contact permanent avec l'équipe (efficacité accrue).

Le Comité d'Edition est chargé d'assurer la cohérence et l'homogénéité de la carte numérisée avant son impression finale. Il est responsable du contrôle de la maquette de la carte. Il est composé de MM. P. GHYSEL, Lecteur, M. LALOUX, Rapporteur scientifique,  J .MICHEL, Contrôleur, Mme. C. VANNESTE, Coordinatrice technique, M. D. PACYNA, Chef de projet, représentant la Région et les Auteurs concernés. Il se réunit en fonction des impératifs techniques.